بیماری شناسی یا phytopathology علمی است که با اثرات متقابل بین عوامل بیماری‌زا و میزبان و تعیین روشهای مبارزه با این عوامل می پردازد.
1- مطالعه عوامل بیماریزا و یا اختلال در گیاه
2- چگونگی توسعه در گیاه.
3- بررسی عکس العمل بین میزبان و عامل
4- راههای مبارزه با عامل بیماریزا.
اهمیت بیماریهای گیاهی :
بخاطر خسارتی که وارد می کنند دارای اهمیت هستند ، در سال 1845 کلیه مزارع ایرلند در اثر سفیدک دروغی یا سوختگی شاخ و برگ سیب زمینی از بین رفت و موجب قحطی و مرگ هزاران نفر شد.
2- باعث محدود کردن رشد گیاه در منطقه ای یا از بین رفتن کامل گیاه از یک منطقه می شود. (مرگ نارون هلندی Dutch elm disease)

3- پیشرفت صنایع وابسته به کنترل عوامل بیماریزا(کارخانه سم سازی- سازنده ماشی آلات سمپاشی)
4- استفاده از عوامل بیماریزا در صنایع پزشکی «سیخک غلات یا Ergot که روی گندم و جو و چاودار اسکلروت را ایجاد می کند. که از الکالوئید آن برای درمان قانقاریا و بیماریهای زنانه استفاده می‌شود.»
5- 16% از محصول دنیا را از بین می برند. مهمترین آن 1- زنگ غلات 2- سیاهک غلات3- Ergot غلات 4- سفیدک دروغی سیب‌زمین 5- لک قهوه‌ای برنج 6- سوختگی برگ ذرت«بلایت ذرت».
از بییماریهای ویروسی مهم می توان به عوامل زیر اشاره کرد1- کوتولگی زرد جو 2- موزاییک نیشکر 4- زردی چغندر قند.
عوامل باکتریایی: شانکر مرکبات- آتشک سیب و گلابی

عوامل نماتدی: نماتد مواد گره ریشه – نماتد سیستی چغندر قند. نماتد طلایی سیب زمینی( در ایران قرنطینه می باشد.)
تاریخچه بیماریهای گیاهی:
تئوفراستوت سال 400 قبل از میلادی بیماریهای روی غلات و درختان مشاهده کردو در این زمینه مقاله نوشت.
رومی‌ها برای مبارزه با زنگهای غلات در اوایل بهار نزد خدای Robigo می رفتند و دعا می‌کرند.
در سال 1729 آقای Michili پدر علم قارچ‌شناسی گردهای روی گیاه را برداشت و روی گیاه دیگر ریخت و علائم مشابه را مشاهده کرد.
سال1734 کشیش انگلیسی (نیدهامNeed ham) نماتد گال گندم را توصیف کرد.
در سال 1775 آقای تیلتTillet روی گندم پودر سیاه رنگ را مشاهده کرد و آنرا در مورد گندمهای سالم آزمایش کرد و سیاهک را شناسایی کرد.
در سال 1858 آقای Kuehn که فردی مزرعه دار بود اولین کتاب را در زمینه بیماریهای گیاهی تالیف کرد.
سال 1861 آقای Debary بیماری سوختگی شاخ و برگ سیب‌زمینی را مطالعه کرد ٍ و بعنوان بنیانگذار علوم بیمارشناسی گیاهی شناخته شد.
ویروس موزاییک توتون( TMV)اولین بار توسط آقای میرMayer شناسایی شد وبعد آقای استنلیStanley عصاره گیاهی بیمار را استخراج کرد و ویروس را شناسی کرد.
در سال 1961 ژاپنی‌ها ماده ای را از برنج استخراج کردند و آن را شبه میکو پلاسما Mycoplasma نامیدند. Mycoplasma Like Orgranism)یاM.L.O»( که در آوندهای آبکش دیده می شد و ژاپنی ها مشاهده کردند که با استفاده از آنتی‌باکتریهای قابل درمان بودند پس ساختاری شبیه باکتری ها داشتند و آنها را فیتوپلاسما نامیدند.
در سال 1971 ویروئیدها را از گیاهان استخراج کردند ( ویروئیدها RNAهستند و پوشش پروتئینی ندارند و فقط در گیاهان بیمازی زا هسند ، در حالی که ویروس DNA ، دورشته‌ای و پروتئین‌دارمی باشد)

مقدمه و خلاصة موضوع

در گونه های گیاهی هزاران ژن مقاومت Rدر برابر عوامل بیماری ویروسی ، باکتریایی ، قارچی و نماتدی وجود دارد . ظهور مقاومت در بر هم کنش میزبان و عامل بیماری مستلزم بیان ژن مقاومت R) در میزبان و ژن غیربیماریزا (Avrدر عامل بیماری می باشد . باور بر اینست که ژنهای مقاومت گیاه را قادر می سازند که ژنهای غیر بیماریزا را شناسایی کرده ، فرآیند انتقال پیام را آغاز نموده و واکنش دفاعی را فعال سازند . رویدادهای انتقال پیام که منجر به ظهور مقاومت می شوند عبارتند از جریانهای یونی در عرض غشاء سلولی ، تولید گونه های اکسیژن واکنشی ، تغییر حالت فسفوریلاسیون ، فعالیت رونویسی از سیستم های دفاعی گیاه و مرگ سریع سلولی در موضع آلودگی ( واکنش فوق حساسیت ) . هرچند که پاسخهای دفاعی از سوی گیاه در تقابل با عوامل بیماری ، متفاوت می باشند ، اما خصوصیات مشترکی نیز بین آنها وجود دارد . مهمترین ویژگی ژن های R این است که این ژنها در گونه های مختلف گیاهی که سبب مقاومت اختصاصی در برابر طیف وسیعی از عوامل بیماری می شوند ، اغلب پروتئین هایی با ساختمان مشابه را رمز می نمایند . ژنهای R همسانه شده به چهار گروه اصلی تقسیم می شوند . یکی از آسان ترین ، به صرفه ترین و از لحاظ زیست محیطی ایمن ترین راهای کنترل بیماریهای گیاهی استفاده از ارقام مقاوم است و به نژاد گران بطور گسترده ای به طریقة کلاسیک از ژنهای مقاومت در این زمینه استفاده نموده اند . اکنون با دسترسی به ژنهای R همسانه شده ، فرصتی برای انتقال ژنهای R جدید به گیاهان از طریق تراریختی ژنتیکی فراهم آمده است . تا زمانی که این روشها از لحاظ قابلیت اعتماد ، انعطاف پذیری و هزینه با روشهای اصلاح نباتات کلاسیک قابل مقایسه نباشند و یا برتری نداشته باشند ، نمی توان انتظار داشت که بطور گسترده مورد استفاده قرار گیرند . با توجه به ظرفیت قوی این روشها در عبور از موانعی همچون تفاوت گونه ای و صف آرایی ژنهای R به فرم دلخواه به نظر می رسد که تراریختی در آینده ای نزدیک در برنامه های اصلاحی وارد شود .